El 30 de mayo de 1988, siete días después del fichaje de Irureta, Marcos Eguizábal ganó las elecciones a la presidencia del CD Logroñés y heredó al vasco como entrenador para la temporada 1988-1989. Nunca llegaron a entenderse y, el 29 de enero de 1989, al inicio de la segunda vuelta, el técnico fue destituido con el equipo “en Primera con positivos”, según sus palabras (el 13º), porque al presidente “aún le parecía poco”.